Mit dem Flugzeug ist Fuerteventura von Deutschland aus in etwa vier Stunden erreichbar. Der internationale Flughafen von Fuerteventura, der Aeropuerto del Matorral, befindet sich etwa 5 Kilometer südlich der Hauptstadt Puerto del Rosario. Neben internationalen Charter- und Linienflügen zu vielen europäischen Ländern und dem spanischen Festland, gibt es auch Verbindungen zu den Nachbarinseln von den kanarischen Fluggesellschaften Islas Airways und Binter Canarias.

Bereits 1940 wurde ein Militärflughafen bei Tefía gebaut, der im Januar 1949 für den zivilen Flugverkehr freigegeben wurde. Durch den hohen Anstieg des Flugverkehrs wurde eine Verlegung des Flughafens notwendig.. So wurde der Flughafen bei Tefía 1952 geschlossen und in 5 Kilometer Entfernung zu Puerto del Rosario der Flughafen Los Estancos eröffnet. Da hier schlechte Windverhältnisse herrschten und durch den Tourismus der Flugverkehr abermals anstieg, wurde der Flughafen ein drittes Mal verlegt. Der Aeropuerto del Matorral wurde als dritter Flughafen am 14. September 1969 eröffnet. Die ersten Ferienflieger aus Deutschland landeten 1973 auf Fuerteventura. In den Jahren 1978 und 2008 wurde der Flughafen erweitert.

Ebenfalls in der Inselhauptstadt Puerto del Rosario befindet sich der Seehafen, der der größte Umschlagplatz der gesamten Insel ist. Seit dem 22. September 2007 ist er ein offizieller Schengenhafen mit Grenzkontrollen zur Ein- und Ausreise in und aus der Europäische Union. Zahlreiche Kreuzfahrtschiffe und Personenfähren von den anderen Kanareninseln legen hier an.

Seit Anfang 2008 gab es eine direkte Fährverbindung der Reederei Naviera Armas zum Hafen Tarfaya in Marokko. Als allerdings die Autofähre Assalama am 30. April 2008 vor Tarfaya sank, wurde diese Verbindung wieder auf unbestimmte Zeit unterbrochen.

Häfen gibt es auch in Corralejo, El Castillo, Gran Taraja und Morro Jable. Einmal pro Stunde gelangt man mit einer Fähre von Corralejo nach Playa Blanca auf der Nachbarinsel Lanzarote. Nach Las Palmas auf Gran Canaria gelangt man mit der Fähre von Morro Jable, die einmal am Tag fährt. Die Überfahrt dauert etwa dreieinhalb Stunden.

Die Insel Fuerteventura kann man sehr gut mit Bussen erkunden. Die Busverbindungen sind gut, die Busse verkehren regelmäßig zwischen den größeren Ortschaften und sind in der Regel pünktlich. Das öffentliche Verkehrsnetz ist gut ausgebaut und die Fahrpreise niedrig, so daß man bequem von Ort zu Ort kommt.
Flexibler als mit dem Bus ist man auf Fuerteventura mit dem Taxi unterwegs. Der Taxipreis liegt bei etwa 60 Cent pro Kilometer.

Einen Leihwagen kann man auf Fuerteventura mieten, wenn man mindestens 21 Jahre alt ist und der deutsche Führerschein mindestens ein Jahr alt ist. Wer Fuerteventura mit dem Mietwagen erkunden möchte, sollte auch einige Verkehrsregeln kennen. Innerorts gilt im Allgemeinen eine Begrenzung von 50 km/h, auf Landstraßen dürfen 90 km/h gefahren werden. Schnellstraßen sind mit 100 km/h, Autobahnen mit 120 km/h begrenzt. Die Alkoholgrenze liegt bei 0,5 Promille.