Ursprünglich lebten die Guanchen, die Ureinwohner der Kanarischen Inseln, auf Fuerteventura. Es wird angenommen, daß nordafrikanische Berber die Inseln um 3.000 v. Chr. besiedelten. Desweiteren geht man davon aus, daß etwa 1.100 v. Chr. phönizische Seefahrer auf Fuerteventura und Lanzarote landeten. Der griechische Dichter Homer nannte die Kanaren um 850 v. Chr. in seiner Odyssee die "Inseln der Glückseligen".

Bis zur Ankunft der Spanier im 15. Jahrhundert soll es am Istmo de la Pared, der schmalsten Stelle von Fuerteventura, einen Steinwall gegeben haben, der die Insel in ein nördliches und ein südliches Königreich aufteilte. Im nördlichen Königreich Maxorata herrschte der König Guize, das südliche Königreich Gandía wurde von König Ayoze regiert.
Wenn man heute eine Wanderung unterhalb des Windparks von Costa Calma macht, kann man dort Reste einer dicken, etwa drei Meter hohen Mauer finden. Allerdings ist es nicht bewiesen, daß es sich hierbei um den alten Steinwall der Guanchen handelt.

Lancelotto Malocello war ein Kaufmann und Seefahrer aus Genua, der 1312 auf Lanzarote landete. Seine Berichte trugen dazu bei, daß um 1340 die Spanier und Portugiesen zu Expeditionen aufbrachen, um als Sklavenhändler und Goldsucher auf den Inseln ihr Glück zu finden.

Nachdem der Normannne Jean de Béthencourt Lanzarote unterworfen hatte, landete er 1402 auf Fuerteventura. Der König Guize und die Einwohner seines Königreichs ließen sich im Januar 1405 taufen. Auch König Ayoze folgte kurz danach diesem Beispiel mit vielen seiner Untertanen. So blieben sie auf ihrer Heimatinsel Fuerteventura und bekamen einige Ländereien zugesprochen. Betancuria wurde Hauptstadt.

Aus politischen Gründen wurde Fuerteventura 1424 ein Bistum, allerdings trat der Bischof sein Amt nie vor Ort an. Bereits 1430 wurde das Bistum wieder für ungültig erklärt. Daraufhin erwarb Guillén de las Casas den Besitzanspruch. Im Jahre 1456 ging der Besitz als Erbe auf Diego García de Herrera über. Die Insel Fuerteventura wurde von ihm und seinen Nachfolgern als Señores beherrscht und systematisch erschlossen. Diese Feudalherrschaft wurde 1836 abgeschafft.

Als Missionar der Guanchen gilt der Franziskaner Didakus, der 1441 nach Fuerteventura kam und das Kloster Fortaventure gründete.

Die Coroneles, die Obersten, waren eine Militärherrschaft mit Sitz in La Oliva, die 1708 gegründet wurde. Im Jahre 1859 wurde die Militärherrschaft wieder aufgelöst.

Im Jahre 1740 landeten englische Korsaren bei Gran Tarajal auf Fuerteventura, um die Insel zu unterwerfen. Bei Tuineje gab es zwei Schlachten, in denen die Korsaren geschlagen wurden.

Eine dieser Schlachten ist die Schlacht von Tamacite, die in die Geschichte einging. Bei dem heutigen Gran Tarajal rückte ein britisches Expeditionskorps auf ihrem Plünderungszug bis nach Tuineje vor. Einige Bauern waren von ihrem Bürgermeister gewarnt worden und zogen mit wenigen Gewehren gegen die gut bewaffneten Gegner vor. Sie hatten nur einige Dromedare dabei, die sie als lebende Schutzschilde gebrauchten. Am Montaña de Tamacite gelang es den Bauern die Eindringlinge in die Flucht zu schlagen. Zwei Kanonen, die bei dieser Schlacht erbeutet wurden, befinden sich heute vor dem Museum in Betancuria.

In diesem Jahr, 1740, wurden die Festungstürme von El Cotillo und Caleta de Fustes erbaut, da es im 17. und 18. Jahrhundert immer wieder zu Piratenüberfällen gekommen war.

Antigua wurde 1834 zur neuen Hauptstadt erklärt. Ein Jahr später wurde der Verwaltungssitz nach Puerto de Cabras, dem heutigen Puerto del Rosario, verlegt.

Die Kanarischen Inseln wurden im Jahr 1852 von der spanischen Königin Isabella II. zur Freihandelszone erklärt.
Puerto del Rosario, das früher Puerto de Cabras hieß, wurde 1860 zur Hauptstadt von Fuerteventura erklärt und ist es bis heute geblieben.

Seit 1912 haben die Kanarischen Inseln mit dem Cabildo Insular ein Selbstverwaltungsrecht. Im Jahr 1927 wurde Fuerteventura ein Teil der Provinz Las Palmas.

Auch nachdem Spanien 1986 der EG beigetreten war, behielten die Kanarischen Inseln ihren eigenen Autonomiestatus, den sie 1982 bekommen hatten.

In der Zeit von 1975 bis 1996 waren spanische Fremdenlegionäre in Puerto del Rosario stationiert.