Für Naturliebhaber ist Fuerteventura traumhaft, da man viele abwechslungsreiche Gebiete bestaunen kann. Ein großer Teil von Fuerteventura steht unter Naturschutz, um die einzigartige Flora und Fauna optimal schützen zu können. Weite Gebiete wurden zu Naturparks erklärt, wie beispielsweise das bekannte Wanderdünengebiet in Corralejo. Andere geschützte Gebiete sind der Naturpark Parque Natural del Islote de Lobos, der Naturpark Parque Natural Dunas de Corralejo, das Naturdenkmal Monumento Natural del Malpaís de la Arena, das Naturdenkmal Monumento Natural de Montaña Tindaya, das Landschaftsschutzgebiet Paisaje Protegido de Vallebrón, das Landschaftsschutzgebiet Paisaje Protegido del Malpaís Grande, das Naturdenkmal Monumento Natural Cuchillos de Vigán, der Landpark Parque Rural de Betancuria, das Naturdenkmal Monumento Natural de Ajuí, das Naturdenkmal Monumento Natural de Caldera de Gairía, das Naturdenkmal Monumento Natural de Montaña Cardón, der Naturpark Parque Natural de Jandía und der Ort von wissenschaftlichem Interesse Sitio de Interés Científico de la Playa del Matorral.

Das unter Naturschutz stehende Lavafeld Malpaís Grande nimmt eine Fläche von etwa 3.000 ha in den Gemeinden Tuineje und Antigua ein. Die vulkanische Vergangenheit Fuerteventuras kann man hier sehr anschaulich erfahren. Bizarre Felsformationen und erkaltete Lavamassen prägen das Landschaftsbild. Entstanden ist das Malpaís Grande vor etwa 10.000 Jahren bei einem Ausbruch des Vulkans Caldera de La Laguna. Da man dieses Gebiet nicht zur Landwirtschaft nutzen kann, wird es das schlechte Land, Malpaís, genannt.

Das Naturdenkmal Monumento Natural de los Cuchillos de Vigán ist ein Gebiet in den Gemeinden Antigua und Tuineje und hat eine Größe von etwas mehr als 6.000 ha. Die höchste Erhebung ist hier der Berg Montaña de Vigán mit einer Höhe von 462 m.

In den Naturschutzgebieten von Fuerteventura gibt es strenge Regeln, die bei Nichteinhaltung zu empfindlichen Geldstrafen führen können. Doch wenn man die Natur mit ihren Tieren und Pflanzen respektiert, sollte man keine Probleme haben, sich an diese Regeln zu halten. Dazu gehört, daß in geschützten Gebieten kein Feuer entzündet werden darf. Abfall darf nur in den vorgesehenden Behältern entsorgt werden. Tiere dürfen nicht gestört und seltene Pflanzen nicht gepflückt oder beschädigt werden. Außerhalb von genehmigten Gebieten ist Campen und das Befahren mit Autos verboten.

Sowohl in der Pflanzenwelt wie auch in der Tierwelt gibt es auf Fuerteventura einige Endemiten. Wenn Tiere oder Pflanzen nur in einem bestimmten Gebiet auf der Welt vorkommen, sind sie dort endemisch. Auf den Kanarischen Inseln werden die Endemiten nochmals unterteilt in Endemiten, die nur auf einer Insel vorkommen, und in Kanarenendemiten, die auf mehreren oder sogar auf allen Inseln vorkommen.

FLORA
Fuerteventura hat nur sehr wenige Niederschläge und zählt zu den Halbwüsten. So gibt es nur recht wenig Vegetation. Der meiste Regen fällt im Winter, was dafür sorgt, daß in den Monaten Februar und März ein wahres Blütenmeer auf der Halbinsel Jandía entsteht. Das Bild der Insel ist geprägt von Wolfsmilchgewächsen, Kakteen, Sukkulenten und anderen Pflanzen, die sich an große Hitze und wenig Wasser gewöhnt haben. Viele der fast 130 Pflanzenarten nimmt man gar nicht wahr, da es sich um Flechten oder Sträucher handelt. Auf Fuerteventura findet man nur sehr wenige Bäume, dafür gibt es allerorts die Kanarische Palme (Phoenix canariensis). An vielen Stellen wachsen Johannisbrotbäume (Ceratonia siliqua).

Besonders im Inselinneren, wie in Tiscamanita, wird die Heilpflanze Aloe Vera angebaut. Diese vielseitig einsetzbare Pflanze hat über 200 Wirkstoffe, die unter anderem bei Entgiftungen helfen und desinfizierend wirken. Die Aloe Vera kann sowohl innerlich wie auch äußerlich angewendet werden. Schon Christopher Columbus soll sie bei seinen Reisen über den Atlantik als Heilmittel mitgeführt haben. Die Pflanze kann leicht auf trockenem, sandigem Boden angebaut werden, so daß sich auf Fuerteventura die besten Bedingungen für ihren Anbau zu finden sind. Nach etwa zwei bis drei Jahren können die Blätter von Hand geerntet und weiterverarbeitet werden.

Besonders in der Gegend um Cofete auf der Halbinsel Jandía findet man einige Exemplare der endemischen Euphorbienart Cardón de Jandía. Diese kandelaberförmigen Pflanzen sind selten und stehen unter strengem Naturschutz.

Auf Fuerteventura gibt es 13 Naturschutzgebiete, die insgesamt fast 50.000 ha einnehmen, dazu zählen unter anderem die Salzwiesen Saladar de Jandía, die Lavafelder des Malpaís und der Berg Montaña de Tindaya.

FAUNA
Allgegenwärtig auf Fuerteventura sind die Ziegen, die auf der Insel vielfältig genutzt werden. Man sagt, daß es auf Fuerteventura mehr Ziegen als Einwohner gäbe. Hauptsächlich werden die Ziegen zur Herstellung des Ziegenkäses Queso majorero gehalten, aber auch Ziegenfleisch wird gern gegessen.
Wie auch auf den anderen Kanareninseln gibt es auf Fuerteventura keine Schlangen, Skorpione oder giftige Tiere.
Eine Besonderheit auf Fuerteventura sind die Atlashörnchen (Atlantoxerus getulus), die man häufig in den Bergen der Insel antreffen kann. Sie sind auch unter dem Namen Nordafrikanisches Borstenhörnchen bekannt. Ihre Bewegungen sich sehr flink, sie sind aber auch teilweise an Menschen gewöhnt, so daß man sie gut beobachten oder sogar füttern kann. Ihr Körper ist etwa 20 cm lang, ihr Schwanz ist noch einmal so lang. Auf dem gelbbraunen Fell verlaufen an den Seiten weiße Streifen. Dadurch werden sie oft fälschlicherweise als Streifenhörnchen bezeichnet, mit denen sie aber nichts zu tun haben. Die Atlashörnchen kommen aus Nordafrika und wurden 1965 auf Fuerteventura ausgesetzt. Sie vermehrten sich sehr schnell und richten teilweise einen erheblichen Schaden an der Vegetation an.
Ein anderes aus Nordafrika stammendes Tier ist der Igel (Erinaceus algirus).. Es gibt eine einheimische Spitzmaus, die Crocidura canariensis. Andere Kleintiere sind Geckos, Eidechsen, Kaninchen und Fledermäuse. Wenn man abends oder nachts einer Fledermaus begegnet, braucht man aber keine Angst haben, sie sind völlig harmlos. Der Mauergecko ist nur auf Fuerteventura und Lanzarote endemisch, während die Eidechse Gallotia atlantica auch auf anderen Inseln vertreten ist.

Es gibt eine Vielzahl von Vögeln, die teilweise endemisch, teilweise Zugvögel sind. Zu den Inselendemiten gehört die Kanarische Kragentrappe (Chlamydotis undulata fuerteventurae), von der es nur noch wenige Exemplare gibt. Verschiedene Gebiete auf Fuerteventura wurden im Rahmen des europäischen Schutzgebietssystem Natura 2000 als spezielle Vogelschutzgebiete (Zona Especial Para Aves, ZEPA) deklariert. Dazu gehören beispielsweise der Parque Natural Islote de Lobos mit einer Fläche von etwa 470 ha und der Landschaftspark Parque Rural de Betancuria mit etwas mehr als 16.500 ha. Die Vogelschutzorganisation BirdLife International hat insgesamt 15 Gebiete als besondere Zonen (Important Bird Area, IBA) ausgewiesen.

Eine endemische Spinnenart wurde in der Cueva del Llano de Villaverde gefunden.

Auch die Meeresbewohner sind zahlreich vertreten. Bei einem Tauchgang kann man oft Haie, Delfine, Muränen, Muscheln, Seesterne, Thunfische, Mantas und Meeresschildkröten beobachten. Doch nicht nur unter Wasser kann man die Meeresbewohner antreffen, Wale und Delphine kann man auch gut bei einem Bootsausflug in ihrer natürlichen Umgebung beobachten. In vielen Küstenorten kann man an Wal- und Delphinbeobachten teilnehmen.